สัตว์หลายชนิดต้องอาศัยชุมชนจุลินทรีย์ในลำไส้

สัตว์หลายชนิดต้องอาศัยชุมชนจุลินทรีย์ในลำไส้เพื่อช่วยในกระบวนการย่อยอาหาร ตัวอย่างเช่น มีแบคทีเรียประมาณ 39 ล้านล้านตัวในระบบทางเดินอาหารของมนุษย์ อย่างไรก็ตาม ไมโครไบโอมในลำไส้ของ ปลวก จัดอยู่ในกลุ่มสัตว์ที่ซับซ้อนที่สุด ประกอบด้วยส่วนผสมที่หลากหลายของแบคทีเรีย โพรทิสต์ และเชื้อรา ซึ่งสามารถย่อยสลายและสกัดสารอาหารที่จำเป็นจากวัสดุที่สัตว์ส่วนใหญ่ย่อยไม่ได้ เช่น ลิกโนเซลลูโลสในเนื้อไม้นักชีววิทยาได้ศึกษาจุลินทรีย์ในลำไส้ของปลวกมานานกว่าศตวรรษ แต่พวกเขาไม่เห็นด้วยกับคำถามสำคัญข้อหนึ่ง: แบคทีเรียในลำไส้ของปลวกมีวิวัฒนาการอย่างไร