ความคล้ายคลึงกันระหว่างสปีชีส์อาจเกิดขึ้นจากบรรพบุรุษร่วมกัน

ความคล้ายคลึงกันระหว่างสปีชีส์อาจเกิดขึ้นจากบรรพบุรุษร่วมกัน (โฮโมโลยี) หรือจากแรงกดดันทางวิวัฒนาการร่วมกัน (วิวัฒนาการมาบรรจบกัน) ตัวอย่างเช่น อีกา นกพิราบ และค้างคาวล้วนบินได้ แต่สองตัวแรกเป็นนก ในขณะที่ค้างคาวเป็นสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมซึ่งหมายความว่าชีววิทยาของการบินในนกกาและนกพิราบมีแนวโน้มที่จะมีลักษณะทาง พันธุกรรม ร่วมกันเนื่องจากมีบรรพบุรุษร่วมกัน ทั้งสองสปีชีส์สามารถบินได้ในปัจจุบันเพราะบรรพบุรุษร่วมสุดท้ายของพวกมัน - บรรพบุรุษนก - ก็เป็นสิ่งมีชีวิตที่บินได้เช่นกันในทางตรงกันข้าม ค้างคาวมีความสามารถในการบินผ่านยีนที่อาจแตกต่างไปจากยีนในนก เนื่องจากบรรพบุรุษร่วมสุดท้ายของนกและสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมไม่ใช่สัตว์ที่บินได้การคลี่คลายองค์ประกอบทางพันธุกรรมที่ใช้ร่วมกันเนื่องจากบรรพบุรุษร่วมกันจากองค์ประกอบที่ใช้ร่วมกันเนื่องจากแรงกดดันทางวิวัฒนาการร่วมกันต้องใช้แบบจำลองทางสถิติที่ซับซ้อนซึ่งคำนึงถึงบรรพบุรุษร่วมกัน